Asal mula Pura Rambut Siwi tertuang dalam lontar Dwijendra Tatwa. Keberadaan pura ini sangat terkait dengan mitologi kedatangan Mpu Dang Hyang Nirartha dari Jawa Timur ke Bali pada tahun 1411 Caka atau tahun 1489 masehi. Ceritanya, ketika Mpu Dang Hyang Nirartha ke Bali salah satu pura yang beliau kunjungi adalah Pura Rambut Siwi. Saat beliau memasuki pura, penjaga pura mengharuskan agar Mpu Dang Hyang Nirartha sembahyang di pura tersebut. Kalau tidak, beliau akan diterkam oleh harimau.
Karena diharuskan, menyembahlah beliau di pura tersebut. Ternyata pura tersebut menjadi hancur berantakan. Melihat itu, penjaga pura akhirnya mohon maaf kepada Mpu Dang Hyang Nirartha. Di samping itu, penjaga pura mohon agar pura itu dikembalikan pada keadaan semula. Atas kesaktian Mpu Dang Hyang Nirartha, pura itu pun kembali utuh seperti sebelumnya. Lalu Mpu Dang Hyang Nirartha mengambil sehelai rambut beliau dan meletakkanya di pura tersebut untuk dijadikan sarana pemujaan. Sejak itulah pura tersebut bernama Pura Rambut Siwi.
Kisah lain, Dang Hyang Nirartha dalam perjalanannya di Bali sempat tinggal di Desa Gading Wani. Beliau mendengar di desa itu masyarakatnya sedang dilanda sakit keras. Bahkan, tidak sedikit yang meninggal akibat sakit yang dideritanya. Kedatangan Dang Hyang Nirartha di desa itu berhasil menyembuhkan penyakit yang diderita masyarakat. Karena itu pula, masyarakat berharap agar Dang Hyang Nirartha bisa tetap tinggal di desa itu.
Sayang, Dang Hyang Nirartha tidak bisa memenuhi keinginan warga setempat, sebagai gantinya, beliau menghadiahkan sehelai rambutnya sebagai jimat untuk menolak wabah penyakit. Rambut inilah yang kemudian dipuja (Siwi) dan dibuatkan tempat suci sebagai tempat penyimpanan. Karena itulah pura tersebut dinamakan Pura Rambut Siwi.
Pura Rambut Siwi terletak di pinggir pantai selatan Pulau Bali bagian barat, lebih kurang 200 meter dari jalan raya jurusan Denpasar-Gilimanuk. Jadi mudah dijangkau dengan kendaraan apa pun. Waktu kunjungan yang paling baik adalah pada sore hari sebelum matahari terbenam.