Pura Tanah Lot dibangun oleh seorang Brahmana dari Jawa Timur bernama Danghyang Nirartha yang berhasil menguatkan kepercayaan penduduk Bali terhadap ajaran Hindu dan membangun pura ini pada abad ke-16. Pada saat itu penguasa Tanah Lot, Bendesa Beraben, iri terhadap beliau karena para pengikutnya berpaling pada Danghyang Nirartha. Bendesa Beraben mengusir Danghyang Nirartha untuk meninggalkan Tanah Lot.
Sang Brahmana bijaksana tersebut menyanggupi. Namun sebelum meninggalkan Tanah Lot dengan kekuatan yoga semedinya beliau memindahkan Bongkahan Batu ke tengah pantai dan membangun pura di sana. Beliau juga mengubah selendangnya menjadi ular penjaga pura. Ular ini masih ada sampai sekarang dan secara ilmiah ular ini termasuk jenis ular laut yang mempunyai ciri-ciri berekor pipih seperti ikan, warna hitam berbelang kuning dan mempunyai racun tiga kali lebih kuat dari ular kobra. Akhir dari kisah ini menyebutkan bahwa Bendesa Beraben pun menjadi pengikut Danghyang Nirartha.
Tidak semua orang boleh masuk ke dalam pura. Para pelancong hanya diperbolehkan melongok dari bawah pura. Hanya orang-orang tertentu yang hendak bersembahyang atau melakukan kegiatan keagamaan yang diperkenankan masuk ke dalam pura.
Pura ini terletak di desa Beraban, Tanah Lot berjarak sekitar 13 kilometer sebelah selatan Tabanan, atau 43 kilometer dari Kuta.